یک پژوهشگر قبل از شروع نگارش پایان نامه باید بداند که دنبال چه چیزی میگردد و قصد نوشتن کدام بخش از مقاله را دارد تا بر مبنای آن، به دنبال مطالب از مقالات بگردد. در زیر به بخش‌هایی که می‌توان از یک مقاله در نگارش پایان نامه استفاده کرد اشاره می‌کنیم.
۱- انتخاب موضوع پژوهش
۲- نگارش بیان مساله (پروپوزال و فصل یک پایان نامه)
۳- پیشینه پژوهش (فصل دو پایان نامه)
۴- مواد و روش ها (فصل سوم پایان نامه)
۵- بحث و نتیجه‌گیری (فصل پنج یا شش پایان نامه)
(لازم به ذکر است در برخی رشته‌های علوم انسانی و رشته‌های پژشکی پایان نامه چهار فصل یا بیش از پنج فصل دارد).